Apteka to szczególna księgowość: refundacje NFZ, marże urzędowe, kilka stawek VAT w asortymencie, remanent i kontrole. Apteki obsługuje u nas osobny dział z numerem 575 755 789, współpracujący z działem ksiąg handlowych. Prowadzimy apteki z Krakowa i, zdalnie, z całej Polski.
Farmaceuta prowadzący aptekę jako JDG. Księga albo pełne księgi, refundacja NFZ, VAT, kadry i Twój własny ZUS w jednym miejscu.
Kilku farmaceutów prowadzi apteki wspólnie. Rozliczamy spółkę i udziały wspólników, a po przekroczeniu limitu prowadzimy księgi rachunkowe.
Spójna rachunkowość placówek, osobne wyniki każdej apteki i zestawienia porównawcze marży, kosztów personelu i zapasów.
Otwierasz aptekę albo przejmujesz istniejącą. Pomagamy od strony księgowej: wyliczenie podatku w dostępnych formach, rejestracje podatkowe, remanent otwarcia i obieg dokumentów.
Dane ze sprzedaży bierzemy z systemu aptecznego, więc nie przepisujemy ich ręcznie.
Pełna księgowość apteki (księgi handlowe) albo KPiR
Rozliczanie refundacji NFZ i uzgadnianie zestawień zbiorczych z wpływami
Import sprzedaży i zakupów z systemu aptecznego do księgowości
VAT ze stawkami właściwymi dla leków, wyrobów medycznych i kosmetyków
Inwentaryzacja i wycena remanentu na koniec roku
Kadry i płace personelu apteki, w tym dyżury i nadgodziny
Sprawozdania statystyczne i deklaracje PFRON, jeśli dotyczą
Obsługa przez dział aptek: 575 755 789, księgi handlowe: 530 258 541
Księgowość apteki to zwykła księgowość handlowa z trzema dodatkami: refundacją z NFZ, która stanowi część przychodu, urzędowymi marżami na leki refundowane i kilkoma stawkami VAT w jednym koszyku. Nowe zezwolenie na aptekę ogólnodostępną dostaje dziś farmaceuta prowadzący JDG, spółka jawna lub partnerska farmaceutów albo uczelnia z kierunkiem farmacja. JDG i spółki farmaceutów przechodzą na pełne księgi po roku z przychodami co najmniej 2,5 mln euro: 10 646 500 zł za 2025 r. i 10 942 500 zł za 2026 r.
Nowe zezwolenie na aptekę ogólnodostępną dostaje farmaceuta z prawem wykonywania zawodu prowadzący JDG, spółka jawna lub partnerska, w której wspólnikami są wyłącznie farmaceuci, a przedmiotem działalności tylko prowadzenie aptek, albo uczelnia kształcąca na kierunku farmacja. Zezwolenia nie dostanie między innymi wnioskodawca albo wspólnik, który sam lub przez spółki prowadzi już co najmniej 4 apteki ogólnodostępne. Apteki działające na wcześniejszych zezwoleniach w spółkach kapitałowych, na przykład w spółkach z o.o., prowadzą księgi rachunkowe zawsze. JDG i spółka jawna farmaceutów zwykle zaczynają od KPiR, a większe apteki mogą przekroczyć limit pełnej księgowości. Pilnujemy go co miesiąc, bo przejście trzeba przygotować przed 1 stycznia.
Apteka z umową na realizację recept przekazuje oddziałowi wojewódzkiemu NFZ dane ze zrealizowanych recept w dwóch okresach: od 1. do 15. dnia miesiąca i od 16. dnia do końca miesiąca, w obu przypadkach w ciągu 5 dni roboczych od końca okresu. NFZ w ciągu 5 dni roboczych odsyła wynik sprawdzenia i projekt zestawienia zbiorczego. Apteka może raz poprawić błędy, w ciągu 5 dni roboczych, a uzgodnione zestawienie zbiorcze jest podstawą refundacji. NFZ płaci nie częściej niż co 14 dni i nie później niż 15 dni od otrzymania zestawienia.
W księgach ujmujemy refundację jako należność od NFZ w dniu sprzedaży leku. Wpływ pieniędzy tylko ją rozlicza. Co okres porównujemy zestawienie zbiorcze z wpływem na rachunek. Różnice, na przykład z odrzuconych recept, wyjaśniamy z kierownikiem apteki, zanim zamkniemy miesiąc. Dzięki temu na koniec roku saldo rozrachunków z NFZ zgadza się z potwierdzeniem z oddziału.
Na leki, środki spożywcze specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyroby medyczne objęte refundacją apteka stosuje urzędową marżę detaliczną z ustawy o refundacji. Marża jest degresywna: przy tanich lekach wynosi kilkadziesiąt procent ceny, przy drogich kilka procent. Liczy się ją od ceny hurtowej brutto leku stanowiącego podstawę limitu w danej grupie limitowej, z uwzględnieniem liczby DDD w opakowaniu, a nie od ceny opakowania, które faktycznie wydajesz. Przedziały i przykłady pokazujemy w tabeli. Na leki bez refundacji, suplementy i kosmetyki apteka ustala marżę sama, dlatego w analizie marży rozdzielamy te grupy.
Produkty lecznicze dopuszczone do obrotu i wyroby medyczne mają stawkę 8%. Kosmetyki, akcesoria i większość asortymentu pozaaptecznego mają zwykle 23%. Przy suplementach i żywności stawka zależy od klasyfikacji produktu. Przy dostawie nowego towaru porównujemy stawki z faktur zakupowych z tym, co ustawiono w systemie aptecznym, bo błąd w kasie powtarza się przy każdej sprzedaży. Faktury od hurtowni pobieramy z KSeF.
Na koniec roku apteka robi spis z natury i wycenia zapas, zwykle według cen zakupu. W pełnej księgowości spis zapasów można rozpocząć do 3 miesięcy przed końcem roku i zakończyć do 15 stycznia, dopisując ruchy z systemu aptecznego. Różnice inwentaryzacyjne, przeterminowane leki i utylizację dokumentujemy osobno, bo inaczej ujmuje się je w kosztach. Spis przeprowadza personel apteki, a my przygotowujemy arkusz, sprawdzamy wycenę i księgujemy wynik.
Na początku miesiąca dostajemy z apteki eksport sprzedaży z systemu aptecznego, raporty z kas i zestawienia refundacyjne za oba okresy. Faktury od hurtowni pobieramy sami z KSeF. Uzgadniamy wpływy z NFZ, rozliczamy VAT według stawek i naliczamy wynagrodzenia personelu. Kierownik apteki dostaje wynik miesiąca z marżą na lekach refundowanych i pozostałym asortymencie oraz listę rozbieżności do wyjaśnienia.
Apteki obsługuje dział pod numerem 575 755 789, a księgi handlowe aptek prowadzimy razem z działem pod numerem 530 258 541. Kadry personelu, także dyżury i pracę w niedziele, rozliczamy w dziale opisanym na stronie kadry, płace i ZUS.
Stan prawny: październik 2026 r.
| Cena hurtowa brutto leku (x) | Urzędowa marża detaliczna | Przykład |
|---|---|---|
| do 10,00 zł | 0,45 zł + 35% x | x = 8 zł: marża 3,25 zł |
| 10,01-20,00 zł | 3,95 zł + 25% nadwyżki ponad 10 zł | x = 15 zł: marża 5,20 zł |
| 20,01-40,00 zł | 6,45 zł + 15% nadwyżki ponad 20 zł | x = 30 zł: marża 7,95 zł |
| 40,01-80,00 zł | 9,45 zł + 10% nadwyżki ponad 40 zł | x = 60 zł: marża 11,45 zł |
| 80,01-160,00 zł | 13,45 zł + 5% nadwyżki ponad 80 zł | x = 100 zł: marża 14,45 zł |
| 160,01-640,00 zł | 17,45 zł + 2,75% nadwyżki ponad 160 zł | x = 400 zł: marża 24,05 zł |
| powyżej 640,00 zł | 30,65 zł + 2% nadwyżki ponad 640 zł | x = 1000 zł: marża 37,85 zł |
Marżę nalicza się od ceny hurtowej brutto leku, środka spożywczego specjalnego przeznaczenia żywieniowego albo wyrobu medycznego stanowiącego podstawę limitu w danej grupie limitowej. Przykłady przeliczone samodzielnie. Źródło: ustawa o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych, tekst jednolity Dz. U. 2026 poz. 253, art. 7 ust. 4 oraz art. 45 i 46 (terminy rozliczeń z NFZ); Prawo farmaceutyczne, Dz. U. 2026 poz. 612, art. 99 (kto może prowadzić aptekę). Stan na październik 2026 r.
Prowadzi Cię konkretna księgowa z wyspecjalizowanego działu, a w bardziej złożonych sprawach korzysta z wiedzy całego zespołu. Dzięki temu odpowiedzialność zawsze ma swoje nazwisko, a pytania nie krążą między przypadkowymi osobami.
Dedykowana księgowa i bezpośredni kontakt
Ponad 25 lat doświadczenia całego biura
Poznajemy Twoje potrzeby i odpowiadamy na pytania.
Przedstawiamy rozwiązanie i wycenę dopasowaną do Ciebie.
Szybko, jasno i bez zbędnych formalności.
Pomagamy w przekazaniu i organizacji dokumentów.
Jesteśmy na miejscu, kiedy nas potrzebujesz.
Księgowość aptek wyceniamy indywidualnie po krótkiej rozmowie. Na cenę wpływa liczba placówek i dokumentów, forma ksiąg i liczba pracowników. Punktem wyjścia są pakiety pełnej księgowości od 750 zł netto miesięcznie lub KPiR od 299 zł netto oraz kadry od 60 zł netto za pracownika z ZUS.
Dochodzą refundacje NFZ, które są częścią przychodu i wymagają uzgadniania zestawień zbiorczych, urzędowe marże na leki refundowane, kilka stawek VAT w jednym koszyku oraz kontrole NFZ i inspekcji farmaceutycznej. Sprzedaż przychodzi głównie z systemu aptecznego i kas. Dlatego apteki prowadzi u nas osobny dział, który zna te rozliczenia.
Apteka przekazuje do NFZ dane z recept za okresy od 1. do 15. dnia i od 16. dnia do końca miesiąca, w ciągu 5 dni roboczych od końca okresu. Po uzgodnieniu zestawienia zbiorczego NFZ płaci najpóźniej w 15 dni od jego otrzymania. W księgach ujmujemy refundację jako należność i co okres porównujemy zestawienie z wpływem na rachunek.
Produkty lecznicze dopuszczone do obrotu w Polsce i wyroby medyczne mają stawkę VAT 8%. Kosmetyki i większość asortymentu pozaaptecznego mają zwykle 23%. Stawka dla suplementów diety i żywności zależy od klasyfikacji konkretnego produktu. Porównujemy stawki z faktur zakupowych z ustawieniami w systemie aptecznym, bo błąd w kasie powtarza się przy każdej sprzedaży.
Nowe zezwolenie na aptekę ogólnodostępną dostaje farmaceuta z prawem wykonywania zawodu prowadzący JDG, spółka jawna lub partnerska złożona wyłącznie z farmaceutów i prowadząca tylko apteki, albo uczelnia z kierunkiem farmacja. Nie dostanie go między innymi wnioskodawca ani wspólnik, który sam lub przez spółki prowadzi już co najmniej 4 apteki ogólnodostępne. Zezwolenie wydaje wojewódzki inspektor farmaceutyczny.
Nie zawsze. Apteka w formie JDG albo spółki jawnej lub partnerskiej farmaceutów może prowadzić KPiR, dopóki przychody za poprzedni rok nie osiągną 2,5 mln euro. Przychody za 2025 r. od 10 646 500 zł oznaczają księgi rachunkowe od 2026 r., a za 2026 r. od 10 942 500 zł księgi od 2027 r. Apteka działająca w spółce z o.o., na zezwoleniu sprzed zmian, zawsze prowadzi pełną księgowość.
Według progów z art. 7 ustawy o refundacji, od ceny hurtowej brutto leku stanowiącego podstawę limitu w grupie limitowej. Przy cenie do 10 zł marża to 0,45 zł plus 35% ceny, przy cenie 30 zł wychodzi 7,95 zł, a powyżej 640 zł to 30,65 zł plus 2% nadwyżki. Marża maleje procentowo wraz z ceną leku.
Tak. Przyjmujemy eksporty sprzedaży i zakupów z systemów aptecznych i importujemy je do programu księgowego, co ogranicza ręczne przepisywanie i błędy. Faktury od hurtowni pobieramy z Krajowego Systemu e-Faktur. Na początku współpracy ustalamy z kierownikiem apteki format eksportu i termin przesyłania danych za miesiąc. Po pierwszym imporcie sprawdzamy, czy sumy zgadzają się z raportami z kas.
Na koniec roku apteka robi spis z natury i wycenia zapas, zwykle po cenach zakupu. Przy pełnej księgowości spis można zacząć do 3 miesięcy przed końcem roku i skończyć do 15 stycznia, uwzględniając ruchy z systemu aptecznego. Spis prowadzi personel apteki, a my przygotowujemy arkusz, sprawdzamy wycenę, księgujemy różnice i leki przeterminowane.
Przeterminowane leki przekazane do utylizacji dokumentujemy protokołem i potwierdzeniem odbioru przez firmę utylizacyjną. Na tej podstawie zdejmujemy je ze stanu i ujmujemy w księgach jako stratę w zapasach. Bez dokumentów straty trudno obronić przy kontroli, dlatego zbieramy protokoły na bieżąco przez cały rok, także między remanentami.
Tak. Prowadzimy księgi tak, żeby każda placówka miała osobny wynik, marżę, koszty personelu i zapas. Co miesiąc dostajesz zestawienie porównawcze aptek. Kadry rozliczamy z podziałem na placówki, także dyżury i pracę w niedziele. Wszystkie apteki obsługuje jeden zespół, więc nie tłumaczysz tych samych spraw kilku osobom.
Zadzwoń do działu księgowości aptek pod numer 575 755 789 albo do działu ksiąg handlowych pod numer 530 258 541, od poniedziałku do piątku w godzinach 8:00-16:00. Możesz też napisać na [email protected]. Biuro mieści się przy ul. Powstańców 25A w Krakowie, z parkingiem pod budynkiem, a apteki z innych miast obsługujemy zdalnie.
