Kontrakt w szpitalu, dyżury w przychodni i kilka godzin we własnym gabinecie to trzy różne rozliczenia. Pilnujemy, które usługi są zwolnione z VAT, kiedy potrzebna jest kasa fiskalna i czy ryczałt 14% da Ci więcej niż podatek liniowy.
Pracujesz na fakturę dla szpitala albo przychodni, często w kilku miejscach naraz, i chcesz mieć jedną księgową do wszystkich kontraktów.
Przyjmujesz pacjentów we własnym gabinecie lub w wynajętym pokoju. Rozliczamy kasę fiskalną, koszty gabinetu i sprzętu medycznego.
Stomatologia, dermatologia, ginekologia. Oddzielamy leczenie zwolnione z VAT od zabiegów estetycznych, które VAT mogą mieć.
Etat rezydencki i dodatkowe dyżury na kontrakcie. Sprawdzamy, którą formę opodatkowania możesz wybrać przy takim układzie.
Zaczynamy od przeglądu Twoich umów i miejsc pracy, bo od nich zależy VAT, kasa i forma opodatkowania.
Wybór formy opodatkowania: ryczałt 14%, liniowy albo skala
Sprawdzenie, czy kontrakt u pracodawcy pozwala na ryczałt
Podział usług na zwolnione z VAT i opodatkowane
Ewidencja sprzedaży z kasy fiskalnej i raporty
Koszty gabinetu, sprzętu medycznego, szkoleń i kongresów
Rozliczenie gabinetu we własnym mieszkaniu proporcjonalnie do powierzchni
ZUS przedsiębiorcy, składka zdrowotna i roczne rozliczenie
Pomoc przy rejestracji działalności i zmianach w CEIDG
Lekarz na kontrakcie wystawia zwykle jedną albo dwie faktury miesięcznie, więc sama księgowość nie jest skomplikowana. Problemy zaczynają się, gdy do kontraktu dochodzi prywatny gabinet, orzecznictwo albo zabiegi estetyczne. Każda z tych usług ma inne zasady VAT i inny obowiązek kasy fiskalnej.
Usługi w zakresie opieki medycznej, które służą profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu albo poprawie zdrowia, są zwolnione z VAT, jeśli wykonuje je lekarz lub lekarz dentysta w ramach swojego zawodu (art. 43 ust. 1 pkt 19 ustawy o VAT). Dotyczy to zarówno leczenia pacjentów w gabinecie, jak i pracy na kontrakcie ze szpitalem. Zwolnienie wymaga spełnienia dwóch warunków naraz: medycznego celu usługi i uprawnień osoby, która ją wykonuje.
Poza zwolnieniem zostają usługi, których celem nie jest zdrowie pacjenta. Przykłady z interpretacji i wyroków: zabiegi wyłącznie estetyczne oraz badania i opinie zamawiane przez sąd albo ubezpieczyciela, których celem jest rozstrzygnięcie sprawy prawnej, a nie leczenie. Badania profilaktyczne pracowników zlecane przez pracodawcę co do zasady zachowują zwolnienie. Takie usługi mają stawkę 23%, chyba że korzystasz ze zwolnienia podmiotowego, które w 2026 r. obejmuje sprzedaż do 240 000 zł rocznie.
Przychody z usług w zakresie opieki zdrowotnej (PKWiU dział 86) rozliczane ryczałtem mają stawkę 14%. Podatek płacisz od przychodu, więc koszty gabinetu, sprzętu i kongresów go nie obniżają. Przy kontrakcie w szpitalu, gdzie kosztów jest niewiele, ryczałt często wychodzi korzystniej niż podatek liniowy 19% ze składką zdrowotną 4,9%. Przy własnym gabinecie z wynajmem, personelem i drogim sprzętem rachunek bywa odwrotny. Liczymy to na Twoich danych, przed 20. dniem miesiąca po pierwszym przychodzie w roku, bo do tego dnia zgłaszasz formę opodatkowania w CEIDG.
Uwaga na kontrakt u własnego pracodawcy. Jeżeli w tym albo w poprzednim roku byłeś na etacie w szpitalu i teraz wykonujesz dla niego to samo na kontrakcie, tych przychodów nie rozliczysz ryczałtem ani podatkiem liniowym. Dotyczy to na przykład przejścia z etatu na kontrakt w tym samym oddziale.
Lekarze i lekarze dentyści muszą rejestrować na kasie fiskalnej sprzedaż usług medycznych dla pacjentów prywatnych. Rozporządzenie o zwolnieniach z kas wyłącza opiekę medyczną świadczoną przez lekarzy ze zwolnień, więc limit 20 000 zł sprzedaży tu nie pomaga. Wyjątek dotyczy usług świadczonych wyłącznie na odległość, na przykład teleporady, gdy pacjent płaci w całości przelewem na Twój rachunek, a z dokumentów wynika, za co zapłacił. Przy wizytach w gabinecie kasa musi działać od pierwszej wizyty płatnej przez pacjenta. Dla szpitala, przychodni czy firmy wystawiasz fakturę i kasy przy tej sprzedaży nie używasz. Pomagamy dobrać kasę online, ustawić stawki i ująć raporty w ewidencji.
Na ryczałcie składka zdrowotna zależy od rocznego przychodu z działalności. W 2026 r. wynosi 498,35 zł miesięcznie przy przychodzie do 60 000 zł, 830,58 zł przy przychodzie od 60 000 do 300 000 zł i 1 495,04 zł powyżej 300 000 zł. Lekarz z kontraktem na kilkanaście tysięcy złotych miesięcznie mieści się zwykle w środkowym progu, a najwyższy zaczyna się przy przychodzie powyżej średnio 25 000 zł miesięcznie. Na podatku liniowym płacisz 4,9% dochodu, od lutego 2026 r. nie mniej niż 432,54 zł miesięcznie, i odliczasz zapłaconą składkę w limicie 14 100 zł rocznie. Te kwoty wliczamy do porównania form opodatkowania, bo przy wysokich przychodach różnica w składce bywa podobna do różnicy w podatku.
Jeśli przyjmujesz pacjentów albo prowadzisz dokumentację w części mieszkania, przy podatku liniowym lub skali zaliczasz do kosztów proporcjonalną część czynszu, mediów i internetu, liczoną według powierzchni gabinetu. Do kosztów wchodzą też sprzęt medyczny, oprogramowanie gabinetowe, ubezpieczenie OC, składki do izby lekarskiej oraz kursy i kongresy związane z Twoją specjalizacją. Przy ryczałcie te wydatki nie zmniejszają podatku, ale warto je zbierać, bo przydają się przy porównaniu form na kolejny rok.
Jeśli pracujesz w kilku miejscach, każdy kontrakt ma swój termin płatności i swoją fakturę. Ustawiamy kalendarz wystawiania faktur, a od 2026 r. pilnujemy także wystawiania ich w KSeF. Opis obsługi faktur znajdziesz na stronie KSeF dla firm, a zasady ryczałtu na stronie księgowość na ryczałcie.
Stan prawny: październik 2026 r.
| Usługa | VAT | Kasa fiskalna |
|---|---|---|
| Leczenie pacjenta w prywatnym gabinecie | Zwolniona (art. 43 ust. 1 pkt 19) | Tak, przy płatności pacjenta, bez względu na wysokość sprzedaży |
| Kontrakt ze szpitalem lub przychodnią na leczenie pacjentów | Zwolniona | Nie, faktura dla podmiotu |
| Opinia lub badanie na potrzeby sądu albo ubezpieczyciela, bez celu leczniczego | 23% albo zwolnienie podmiotowe do 240 000 zł | Tak, jeśli płaci osoba prywatna |
| Zabieg wyłącznie estetyczny bez wskazań medycznych | 23% albo zwolnienie podmiotowe do 240 000 zł | Tak, przy płatności pacjenta |
| Wykłady i szkolenia na zlecenie firm | Zależnie od rodzaju usługi, sprawdzamy przed pierwszą fakturą | Nie, faktura dla firmy |
Stan na październik 2026 r.: ustawa o VAT (art. 43 ust. 1 pkt 19, art. 113), rozporządzenie MF z 17.12.2024 r. w sprawie zwolnień z obowiązku prowadzenia ewidencji przy zastosowaniu kas rejestrujących (Dz.U. 2024 poz. 1902, § 4 ust. 1 pkt 2 lit. f; wyjątek dla usług świadczonych wyłącznie na odległość i opłaconych przelewem: § 4 ust. 3 pkt 2 lit. b w zw. z poz. 42 załącznika). Przy usługach z pogranicza decyduje cel konkretnego świadczenia.
Prowadzi Cię konkretna księgowa z wyspecjalizowanego działu, a w bardziej złożonych sprawach korzysta z wiedzy całego zespołu. Dzięki temu odpowiedzialność zawsze ma swoje nazwisko, a pytania nie krążą między przypadkowymi osobami.
Dedykowana księgowa i bezpośredni kontakt
Ponad 25 lat doświadczenia całego biura
Poznajemy Twoje potrzeby i odpowiadamy na pytania.
Przedstawiamy rozwiązanie i wycenę dopasowaną do Ciebie.
Szybko, jasno i bez zbędnych formalności.
Pomagamy w przekazaniu i organizacji dokumentów.
Jesteśmy na miejscu, kiedy nas potrzebujesz.
Księgowość lekarza na ryczałcie albo KPiR kosztuje od 299 zł netto miesięcznie w pakiecie Start (do 10 zapisów), ZUS przedsiębiorcy jest w cenie. Gabinet z kasą fiskalną i większą liczbą kosztów zwykle mieści się w pakiecie Komfort za 459 zł netto.
Przychody z usług w zakresie opieki zdrowotnej, czyli z PKWiU dział 86, rozlicza się ryczałtem według stawki 14%. Dotyczy to zarówno kontraktu ze szpitalem, jak i prywatnego gabinetu. Ryczałt nie jest jednak dostępny, jeśli wykonujesz na kontrakcie te same czynności dla pracodawcy, u którego w tym albo poprzednim roku byłeś na etacie.
Jeśli pracujesz tylko na kontrakcie i wystawiasz faktury szpitalowi lub przychodni, kasa nie jest potrzebna, bo nie sprzedajesz osobom prywatnym. Kasa staje się obowiązkowa od pierwszej wizyty, za którą płaci pacjent. Lekarze nie korzystają ze zwolnienia z kasy do 20 000 zł sprzedaży, bo rozporządzenie wyłącza ich usługi z tego zwolnienia. Wyjątkiem są teleporady opłacone w całości przelewem.
Większość lekarzy nie musi, bo leczenie pacjentów jest zwolnione z VAT. Rejestracja może być potrzebna, gdy obok leczenia wykonujesz usługi opodatkowane, na przykład zabiegi estetyczne albo opinie dla ubezpieczyciela, i ich sprzedaż przekroczy 240 000 zł w roku. Możesz też zarejestrować się dobrowolnie, jeśli kupujesz drogi sprzęt do usług opodatkowanych.
Tylko wtedy, gdy zabieg ma cel leczniczy, na przykład usuwa skutki choroby albo urazu. Zabiegi wykonywane wyłącznie po to, by poprawić wygląd, organy podatkowe i sądy traktują jako opodatkowane stawką 23%. Przy gabinecie dermatologii estetycznej dzielimy usługi w ewidencji, a podstawą zwolnienia jest opis celu leczniczego w Twojej dokumentacji medycznej.
Tak, przy podatku liniowym albo skali. Do kosztów wchodzi część czynszu, mediów i internetu proporcjonalna do powierzchni gabinetu w stosunku do całego mieszkania. Pomieszczenie powinno służyć działalności, a jego przeznaczenie warto opisać w dokumentach firmy. Przy ryczałcie te wydatki nie zmniejszają podatku, bo płacisz go od przychodu.
Przy kontrakcie z niskimi kosztami ryczałt 14% zwykle zostawia więcej pieniędzy niż liniowy 19% ze składką zdrowotną 4,9%. Gdy prowadzisz własny gabinet z czynszem, personelem i sprzętem, liniowy może wyjść taniej, bo te koszty obniżają podatek. Porównanie robimy na Twoich przychodach i kosztach przed terminem zmiany formy opodatkowania.
Nie, jeśli kontrakt dotyczy byłego pracodawcy i tych samych czynności. Ulga na start i preferencyjne składki nie przysługują, gdy w bieżącym lub poprzednim roku wykonywałeś dla tego podmiotu na etacie czynności, które teraz robisz w działalności (art. 18 Prawa przedsiębiorców, art. 18a ustawy o systemie ubezpieczeń społecznych). Dotyczy to typowego przejścia rezydenta albo specjalisty z etatu na kontrakt w tym samym szpitalu. Przy innym zleceniodawcy ulgi zwykle przysługują.
Tak. Lekarz może wykonywać zawód w ramach działalności leczniczej dopiero po wpisie do rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą (art. 5 ust. 1 ustawy o działalności leczniczej). Praktyki lekarskie wpisuje okręgowa rada lekarska właściwa dla miejsca praktyki. Dla kontraktu istnieje osobna forma: indywidualna praktyka lekarska wyłącznie w zakładzie leczniczym na podstawie umowy z podmiotem leczniczym. Wpis w CEIDG i formę opodatkowania ustawiamy równolegle.
Tak, gdy wystawia fakturę firmie, na przykład szpitalowi. Od 1 kwietnia 2026 r. Krajowy System e-Faktur (KSeF) obejmuje także podatników zwolnionych z VAT. Do końca 2026 r. można wystawiać faktury poza KSeF, jeśli ich łączna wartość brutto w miesiącu nie przekracza 10 000 zł. Przy usługach zwolnionych faktura jest obowiązkowa na żądanie nabywcy. Faktury dla pacjentów prywatnych w KSeF są dobrowolne.
Tak, w połowie. Na ryczałcie od przychodów ewidencjonowanych przychód pomniejszasz o 50% składek na ubezpieczenie zdrowotne zapłaconych w roku z tytułu działalności (art. 11 ust. 1a ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym). Przy stawce 14% oznacza to niższy podatek o 7% zapłaconej składki. Odliczasz też składki społeczne. Obie kwoty uwzględniamy w każdej miesięcznej wpłacie ryczałtu i w zeznaniu PIT-28.
